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Cas13 gRNA(靶向冠状病毒)

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我们设计了一系列靶向SARS-CoV-2和冠状病毒的Cas13 gRNA,希望可以对正在开发针对该病毒的潜在诊断或治疗方法的研究人员有用。通过我们的生物信息学,我们相信我们所设计的这些gRNA将极大程度简化这些研究,助力全世界的科学家们早日战胜这一疾病。
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CRISPR靶向SARS-CoV-2的挑战

SARS-CoV-2病毒属于冠状病毒家族,具有约27-34kb的单链RNA基因组,于2019年首次发现。在设计该病毒的靶向gRNA时需要考虑多种因素,而其中很多参数当前还不了解(例如病毒的突变率)。此外,目前也没有现成的基因组参考数据库可供研究人员有效设计其靶向gRNA。

另一方面,基于RNA病毒的CRISPR编辑需要使用RNA编辑核酸酶。我们选择研究Cas13a(以前的C2c2)和Cas13d。Cas13核酸酶家族的gRNA设计仍存在一些难度,包括尚不明晰的PAM序列,可能阻碍gRNA结合的RNA二级结构,以及Cas13亚型在不同细胞类型中的活性差异等。

鉴于这些信息,很明显许多研究人员需要在生物信息学方面投入相当大的精力,来设计有效的SARS-CoV-2 RNA序列的靶向gRNA。鉴于在当前新冠病毒大流行的背景下研究人员可能无法花时间设计和测试不同的CRISPR gRNA,我们的生物信息学团队提出了一种解决方案,可以最大限度地减少研究人员围绕gRNA设计所耗费的精力。

 

SARS-CoV-2的Cas13a/Cas13d 靶向gRNA的生物信息学设计

根据应用场景的不同,gRNA设计的考虑因素会有所区别。

例如,在设计诊断方法时,研究人员需要设计对SARS-CoV-2具有高度特异性的靶向gRNA。因此我们的生物信息学团队设计了50个Cas13a gRNA,它们对SARS-CoV-2具有尽可能高的特异性。

相反,在设计治疗方法时,研究人员希望设计可以靶向切割任何冠状病毒RNA的gRNA,而不仅仅是SARS-CoV-2。在这种情况下,可以比较所有不同冠状病毒的序列,并且选择其中的保守片段作为gRNA的靶向序列。因此,我们的生物信息学团队设计了50个Cas13d gRNA,可以切割许多不同冠状病毒株中的RNA序列,包括SARS-CoV-2和潜在的未来变异。

对于我们设计的两组Cas13指导RNA,我们还考虑了人类RNA序列中任何可能的脱靶效应,这对于任何潜在的基于Cas13的治疗尤其相关。我们选择将设计重点放在SARS-CoV-2的主要结构蛋白上,其中包括orf1ab、S、M、N和E基因。

如果您对这些序列感兴趣(50个用于治疗和50个用于诊断的gRNA序列),您可以在下方下载。如果您希望我们帮助您合成,请联系service@sbsbio.com。

 

用于诊断的Cas13 gRNA序列

用于治疗的Cas13 gRNA序列

 

 

仅用于研究,不用于治疗人类或动物

 

使用赛百盛产品所发表的期刊                                                                     使用赛百盛产品的大学与机构

 

 

北京赛百盛基因技术有限公司是冷泉港实验室的长期赞助合作伙伴

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    自2000年以来,我们一直为生命科学提供前沿的解决方案

     

     

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    我们为生命科学研究提供完善的解决方案

    CRISPR基因编辑

    CRISPR Gene Editing

    CRISPR基因编辑是分子生物学中的一种基因工程技术,用来修改生物体的基因组。通过将Cas9核酸酶与引导RNA(gRNA)复合物导入细胞,细胞基因组的特定位置将被切割,从而可以移除现有的基因和/或在体内添加新的基因。我们提供带有细胞核定位序列的Cas核酸酶、经化学修饰的gRNA、基因敲除试剂盒等产品,为CRISPR基因编辑提供系统性的解决方案。

    肽核酸定制

    Custom PNA Synthesis

    肽核酸是一种人工合成的类似于 DNA 或 RNA的聚合物。与多肽类似,各种嘌呤和嘧啶碱基通过亚甲基羰基连接到主链骨架上。由于PNA不带负电荷,与DNA和RNA之间不存在静电斥力,因而结合的稳定性和特异性都大为提高。不易被DNA酶和蛋白酶水解,PNA在体内以及体外极其稳定。

    CRISPRclean rRNA去除系统

    CRISPRclean rRNA Depletion System

    RNA样本通常含有高达90%的核糖体RNA。不去除这些嘈杂的rRNA序列的转录组测序降低了测序能力,使检测低表达、生物相关转录物变得更加困难。CRISPRclean rRNA去除系统通过CRISPR介导的rRNA去除试剂盒,从测序工作流程中去除过多的核酸,以提高灵敏度和性能。

    寡核苷酸合成

    Custom Oligo Synthesis

    寡核苷酸合成是将脱氧核酸(腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和鸟嘌呤)连接在一起形成DNA的技术,作为现代分子生物学的基石在合成生物学领域发挥着举足轻重的作用。我们除提供常规的普通合成外,还提供长链合成、硫代修饰、修饰标记、荧光标记、实时定量PCR探针等科研服务,满足您的不同需求。我们也同时提供创新的工业级超长Oligo合成系统,可以通过工业级的酶法合成技术生产超长(超过10,000个碱基)和超高纯度(超过99.99999%)的单链DNA。

    恒温扩增

    Isothermal Amplification

    我们在基于世界级平台的恒温扩增解决方案方面处于领先地位。我们的Bst DNA/RNA聚合酶位于该平台的核心,它是Bst聚合酶和极端耐热的逆转录酶的混合物。基于这种特种酶,我们开发了PrimeIampTM冻干等温扩增微球系列。这些系列是现成的冻干混合物,当添加模板和引物时,可以直接进行恒温扩增。通过冷冻干燥技术,这些混合物被冻干成固体微球,可以在室温下方便地运输和储存。

    多肽合成

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    多肽是由一种氨基酸的羧基与另一种氨基酸的氨基缩合反应合成的,被广泛应用于抗体制备、药物研发及多肽疫苗的研制等各个领域。我们的每条多肽都附有可靠的HPLC和质谱分析资料,并提供详细的合成报告,产品以冻干状态发送。经验丰富的工作人员可以协助用户设计肽链,并针对用户的不同需求(如抗体、特殊标记、大规格合成等)提出适当的建议。

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    肽库是一种研究蛋白质结构和功能的新方法,它包含了许多由一系列氨基酸组成的肽,成为药物设计、蛋白质间相互作用、生物化学及药物应用等方面一种强有力的工具,同时在药物筛选、确定靶位、抗原表位制图、研制疫苗等方面也有着广泛的应用。

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    基因合成是用人工方法合成基因的技术,是基因获取的手段之一,相对于从已有生物中获取基因来说,基因合成无需模板,因而不受基因来源限制。我们采用独特的基因合成设计软件,这一技术包含了全套工具来设计理想的结构单元,因此能够在单一反应中快速并且高效地完成基因的构建和合成。请不要被限制性酶切位点和多聚接头所限制,我们将为您合成所需要的各种基因序列。我们也同时提供创新的工业级超长Oligo合成系统,可以通过工业级的酶法合成技术生产超长(超过10,000个碱基)和超高纯度(超过99.99999%)的单链DNA。

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    核酸纯化是分子生物学的重要组成部分,并在医学和生物科学中有着广泛的应用。我们的核酸纯化试剂盒采用了一流的硅胶柱技术,对于各种来源的DNA均可快速可靠地进行纯化。经我们的试剂盒纯化的DNA纯度很高,适用于序列测定、克隆和酶切操作等多种下游应用。

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    基因操作是利用生物技术直接对基因进行操作从而产生新的DNA的过程,已广泛应用于研究、医药、工业生物技术和农业等领域。我们提供的PremiumTM高效无缝克隆试剂盒为这一类需求提供了高效的解决方案。

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    北京赛百盛基因技术有限公司是中国早期提供定制寡核苷酸合成、基因合成和定制多肽合成的公司之一。自2000年成立以来,我们一直致力于利用科技创造我们引以为傲的未来。几十年来,通过提供更安全和更具性价比的产品,我们为近60个国家的研究人员提供科研服务,助力他们在生物学领域发现新的知识。

    如今随着技术的发展,我们还扩展了以下业务:DNA合成产品、核酸分离纯化试剂盒、DNA分子量标记、PCR相关产品、RNA相关产品、基因操作产品等等。通过在产品质量上精益求精,我们在这些领域取得了领先地位,并与优秀的研究人员一起为生命科学的发展做出了贡献。数千篇在包括Science, Cell, Cancer Cell, Cell Metabolism等世界顶级学术期刊上发表的论文都使用了我们的产品。

    从大肠杆菌基因测序到人类基因组计划,从基本的分子克隆技术到CRISPR-Cas介导的基因组编辑,从最早的基因合成技术到酿酒酵母染色体的化学合成,几十年来我们见证了生命科学创造的奇迹。我们为这些已有的成就感到骄傲,同时我们相信,在我们与广大研究人员的共同努力下,生命科学将创造一个更加光明的未来!

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