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    CRISPRclean Stranded Total RNA Prep with rRNA Depletion

    (Human, Mouse, Rat)

    特异性、无偏性的rRNA去除和RNA-Seq的文库制备

  • 90%

    的总RNA是来自于过多的核糖体RNA

    98%

    链特异性

    1

    天工作流程

  •  

    RNA样本中常常含有高达90%的核糖体RNA。如果在转录组测序中不去除这些过度丰富的rRNA序列,会降低测序容量,使检测低表达但在生物学上具有重要意义的转录本更加困难。了解如何使用CRISPRclean有效去除rRNA序列,从而提高您的研究效果

  • 优势

    利用CRISPR-Cas9介导的技术,在单个管中可以有效去除多个物种的rRNA

     

    提高对低表达但在生物学上具有重要意义的转录本的检测灵敏度

     

    优化的文库制备和去除工作流程可以生成高质量的转录本表达谱

     

    保持全长、均一的转录本覆盖,并获得高复杂性的文库

     

    单日工作流程:7.5小时的检测时间,3小时的实验操作时间

     

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  • Data Sheet
    Protocol
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  • 从RNA到测序准备文库的一日工作流程

     

  • 特异性和无偏性

    CRISPRclean Stranded Total RNA Prep with rRNA Depletion 产生极低的文库偏差。ERCC读数计数在去除(纵轴)和未去除文库(横轴)之间高度相关,表明CRISPRclean的rRNA去除方法具有高度特异性、无偏性和准确性。相比之下,Illumina RiboZero Plus去除结合Jumpcode的全长RNA制备方法显示出较低的ERCC读数相关性和更高的偏差。这意味着CRISPRclean方法可以更准确地反映基因表达水平,相较于未去除rRNA的样本。

  • 有效的单管多物种去除

    在多种哺乳动物物种中实现超过90%的rRNA去除。使用通用的参考RNA(包括人类、小鼠、大鼠、鸡、牛和狗)评估了在多个物种中进行核糖体RNA去除的性能。

    经过优化的文库制备和去除工作流程

    CRISPRclean文库的重复性读数计数高度一致。将ERCC控制RNA掺入5 ng UHR RNA输入后,经过去除的文库复制品之间显示出高度相关的序列读数计数。

    高质量的人类基因表达谱表示

    (左图)5 ng和100 ng UHR RNA输入之间的高度相关的人类基因表达。高度相关的表达意味着CRISPRclean工作流程对核糖体RNA的去除非常特异且稳健,不受输入量的影响。(右图)在5 ng和100 ng UHR RNA输入下,CRISPRclean显示了人类基因表达水平的最小差异。基因水平的计数在Log2比例上绘制(纵轴),并按从低到高的表达在5 ng文库中进行排序。从Log2折叠变化为0的位置可以看出,在一系列的RNA输入量下,人类基因表达的测量值高度相关,差异最小。

    一致的全长、均匀的转录本覆盖度

    CRISPRclean文库在转录本长度上提供均匀的覆盖度。在每个5 ng、25 ng和100 ng UHR RNA输入的3个重复中,对在CRISPRclean文库中检测到的基因的转录本位置进行分析,这些基因的读数大于10。

    增加了对低表达、生物学上相关的转录本的检测灵敏度

    使用不同输入量的UHR RNA制备的文库中,通过对32M子抽样的配对末端读数通过滤器(PF)进行基因检测,以10倍覆盖度评估基因数。
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北京赛百盛基因技术有限公司是中国早期提供定制寡核苷酸合成、基因合成和定制多肽合成的公司之一。自2000年成立以来,我们一直致力于利用科技创造我们引以为傲的未来。几十年来,通过提供更安全和更具性价比的产品,我们为30多个国家的研究人员提供科研服务,助力他们在生物学领域发现新的知识。
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